之前小编为大家推送了利用DAVID网站进行差异基因的GO和KEGG分析，链接：DAVIDamp；amp；Metascape：专注于基因功能注释和富集通路分析的网站。而基因功能注释后就可以寻找蛋白表达之间的关系了，在生信分析中，常常会使用STRING网站Cytoscape软件来制作蛋白互作网络图（PPI）。今天小编奉上一部PPI制作教程，让我们一起细细咀嚼吧！ 首先我们进入STRING网站的官网（网址为https：stringdb。org），界面很简单明了，左侧一栏是网站的输入方式，右侧一栏是我们的蛋白输入框。通常我们在做PPI时选择输入方式是Multipleproteins，即多个蛋白的输入。 选择好蛋白的输入方式后，输入一列差异基因，STRING网站对基因的限制条件是不超过2000个基因，格式也是每行一个基因名（或者说是蛋白名字吧，总之就是差异基因所表达的蛋白）。简而言之，这个页面上的操作的步骤是先选择Multipleprotenins，然后输入基因名，最后选择Homosapiens。 然后点击SEARCH选项，千万别停下来，继续点击CONTINUE选项。 这样就做好了一张PPI图，但是看上去还是比较杂乱的，因此我们需要通过Cytoscape软件对PPI图进一步做美化处理。 下拉当前页面，可以看到一行菜单，Legend菜单里面是关于网络图中Nodes和Edges的注释，了解一下。 Settings菜单功能比较重要，比如我们对Edges的选择，confidence是通过线条的粗细来反映蛋白之间相互作用的强弱。如果我们制作的网络图比较分散，我们可以通过设置minimumrequiredinteractionscore将conbinedscore调高来调整PPI，使图形看上去更紧密。 如果我们觉得网络图上的蛋白数量较少，我们可以通过设置蛋白数量的上限，比如我们将其设置为nomorethan50interactors，看下效果。 明显可以发现网络图变得更加复杂，线条也更多了。 在Analysis菜单里面，我们可以查看network的一些信息，包括nodes、edges、degree、PPI富集分数的P值等，同时我们也能查看GO和KEGG功能富集信息及其他信息。 Clusters菜单，是将PPI网络进行聚类，点击APPLY。 我们可以看到，通过聚类后，蛋白通过聚类形成不同颜色的成簇分布的蛋白互作网络图。 如果我们想要在Cytoscape软件中调整网络图，直接点击Exports选项，下载TSV格式的文件保存。 保存好的TSV格式文件是Cytoscape软件数据的输入方式之一，当我们在STRING网站完成PPI制作之后，就可以打开Cytoscape软件了。 第一步是导入数据：FileImportNetworkfile，然后选择TSV格式的文件。 数据导入完成后如下图，右边的图形是刚刚在STRING网站中的PPI导入到Cytoscape软件后的图形，看上去确实精简了不少，和原图相比只是把没有相互作用关系的蛋白去掉了，这样的图确实精简，但是看上去也还是不咋滴！ 下面就开始对这幅图进行改造，我们依次点击ToolsNetworkAnalyzerNetworkAnalysisGeneratestylefromstatistics。 最终会出现一个弹窗。 小编对于这个弹窗的理解是，在Cytoscape软件中Node的大小和渐变颜色由Degree来调整，Edge的粗细和渐变颜色由combinedscore来调整。 点击Apply后出图，可以看见，这个图形简直是有了180度的变化了，像个文章中的PPI了。 此外，如果我们想要制作以某个蛋白为中心的PPI，如何去制作呢？Cytoscape提供了一套完美的解决方案。例如，我们选择IL10蛋白作为中心蛋白，首先点击该蛋白。 再点击下图标注的图标，它表示是与IL10蛋白有直接关系的Nodes，同时这些蛋白和IL10一起都被选中了。 依次点击FileNewNetworkFromselectednodes，alledges。 最终，一张以IL10为中心的局部PPI网络就形成了，这样的图是不是看上去能更加美观呢！ STRING网站是我们在生信分析中针对蛋白互相作用分析的一个重要工具，然而，它提供给我们的图形是十分粗犷的，但是当它结合了Cytoscape软件对PPI的美化功能后，我们的图形会出现脱胎换骨的气息！ END
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