农田施用的任何种类和形态的化肥，都不可能全部被植物吸收利用。化肥利用率，氮为3060，磷为225，钾为3060。未被植物及时利用的氮化合物，若以不能被土壤胶体吸附的NH4N的形式存在，就会随下渗的土壤水转移至根系密集层以下而造成污染。可导致河川、湖泊和内海的富营养化；土壤受到污染，物理性质恶化；食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。为防止污染环境，应对使用的化学肥料进行控制和管理。
　　长期大量的使用化肥会引起土壤污染的现象
　　长期过量而单纯施用化学肥料，会使土壤酸化。土壤酸化后会导致有毒物质的释放，或使有毒物质毒性增强，对生物体产生不良影响。土壤酸化还能溶解土壤中的一些营养物质，在降雨和灌溉的作用下，向下渗透补给地下水，使得营养成分流失，造成土壤贫瘠化，影响作物的生长。
　　土壤溶液中和土壤微团上有机、无机复合体的铵离子量增加，并代换Ca2、Mg2等，使土壤胶体分散，土壤结构破坏，土地板结，并直接影响农业生产成本和作物的产量和质量。
　　化肥中会混有一些重金属元素或有毒物质。例如磷肥的生产原料为磷矿石，它含有大量有害元素F和As，同时磷矿石的加工过程还会带进其它重金属Cd、Cr、Hg、As、F，特别是Cd。另外，利用废酸生产的磷肥中还会带有三氯乙醛，对作物造成毒害。
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